Sejak hadir di Kota Pekanbaru pada 8 Maret 2013 dan melakukan terbang perdana tiga hari kemudian dengan rute Pekanbaru-Batam, Citilink terus melihat potensi pasar serta animo masyarakat di Riau yang cukup tinggi terutama terhadap rute-rute yang ditinggalkan maskapai.
Maskapai penerbangan Citilink membuka rute baru yakni Pekanbaru-Yogyakarta pulang-pergi satu kali per hari menggunakan armada pesawat Airbus A320 dengan kapasitas penumpang 180 tempat duduk dan harga tiket dijual dengan relatif wajar mulai dari Rp 900 ribu lebih per orang, yang dimulai pada 25 Agustus 2014.
Pekanbaru-Yogyakarta dinilai merupakan rute yang cukup baik di hati masyarakat, hingga masyarakat khususnya di Riau kehilangan dengan dihentikannya operasional maskapai Tigerair Mandala terhitung 1 Juli 2014 karena depresiasi rupiah.
Citilink, mencoba menjadi jembatan untuk terbang langsung dari Pekanbaru-Yogyakarta dengan waktu tempuh sekitar dua jam dan akhirnya Dirjen Perhubungan Udara Kemenhub meyambut cukup positif atas usulan yang pihaknya ajukan.
